Kantor Bea dan Cukai Balikpapan merupakan satuan kerja Direktorat Jenderal Bea dan Cukai di bawah Kementerian Keuangan yang hadir dan siap bertugas untuk melaksanakan pengawasan dan pelayanan atas barang ekspor dan impor serta barang kena cukai yang berada dalam wilayah kerja Kantor Bea dan Cukai Balikpapan. KPPBC TMP B Balikpapan memiliki wilayah pengawasan mencakup kota Balikpapan, Kabupaten Paser, Kabupatan Penajam Paser Utara dan Kecamatan Samboja, Kutai Kartanegara. Kegiatan pengawasan dan pelayanan utama yang dilaksanakan antara lain

• Kegiatan ekspor batubara, impor minyak mentah, impor alat-alat berat serta mesin, sparepart maupun alat-alat untuk pertambangan lainnya.
• Tempat pemuatan barang ekspor dan pembongkaran barang impor tersebut meliputi: Terminal Peti Kemas Kariangau, Pelabuhan Semayang, Kantor Pos Indonesia Cabang Balikpapan dan Perusahaan Jasa Titipan untuk barang kiriman serta Bandara Internasional Sultan Aji Muhammad Sulaiman Sepinggan Balikpapan untuk barang bawaan penumpang.
• Fasilitas Tempat Penimbunan Berikat yaitu 3 Kawasan Berikat dan 5 Pusat Logistik Berikat. Selain fungsi pelayanan, Kantor Bea dan Cukai Balikpapan juga melaksanakan fungsi pengawasan dalam rangka mencegah masuknya barang yang dilarang atau dibatasi ekspor dan impornya. 

Pada tanggal 25 September 2019 di halaman Kantor Bea Cukai Balikpapan dilakukan pencanangan pembangunan Zona Integritas menuju Wilayah Bebas dari Korupsi. Selain itu telah dibuat terobosan dengan membangun dan mengembangkan aplikasi mandiri yang diberi nama OASYS sebagai induk dari Aplikasi Monita (Aplikasi Monitoring Pemuatan Batubara). 

Kantor Bea Cukai Balikpapan juga turut andil dalam memberikan penyuluhan dan layanan informasi kepada masyarakat melalui kegiatan kreatif dan edukatif seperti: Customs on the Street, Customs goes to school, dan Customs goes to Mall. Sebagai reward bagi pengguna jasa yang taat dan telah berkontribusi terhadap pencapaian kinerja kantor, Kantor Bea Cukai Balikpapan setiap tahun memberikan penghargaan kepada para pengguna jasa dengan kriteria tertentu dalam acara Customs Award.